Dopo il successo di Mario & Luigi: Superstar Saga per GameBoy Advance arriva Mario & Luigi: Partnersin Time, il nuovo fantastico gioco di ruolo che vede come protagonisti i due fratelli e non solo, perché ora ad aiutare i due eroi ci saranno anche Baby Mario e Baby Luigi!
Proprio come nell'episodio per GameBoy Advance il giocatore prenderà il controllo dei protagonisti risolvendo enigmi e affrontando avversari in combattimenti a turni in cui potrà utilizzare le abilità combinate di Mario, Luigi così come quelle di Baby Mario e Luigi con lo scopo di salvare la Principessa Peach.