Phineas e Ferb: nella Seconda Dimensione è ispirato all'atteso film di Disney Channel Original Movie, che a sua volta prende spunto dalla serie a episodi attualmente in onda su Disney XD. I suoi fan, in questo modo, possono vivere un'avventura nuova attraverso dimensioni ricche di divertimento e azione, vestendo panni dei personaggi preferiti come Phineas, Ferb e l'Agente P, nel tentativo di combattere il perfido Dr. Doofenshmirtz.

Le versioni PS3 e Wii hanno la possibilità di interpretare 10 personaggi e l'opzione a due giocatori in modalità collaborativa per muoversi all'interno dello scenario di un cartone animato del 1928, in una terra di gnomi e in un mondo di gelatina.